سازمان دانشنامه به طور کلّی شامل دو بخش است: شورای علمی دانشنامه و گروه دانشنامۀ زبان و ادب فارسی.
شورای علمی دانشنامه متشکل است از اعضای شورای فرهنگستان که در حوزههای علمی دانشنامه تخصّص دارند. وظیفۀ شورا، تعیین سیاست و خطّمشی کلّی دانشنامۀ زبان و ادب فارسی، بررسی موضوعهای مدخلها، تصویب آنها و همکاری در معرّفی محقّقان در تألیف مقالههاست.
سازمان داخلی گروه دانشنامۀ زبان و ادب فارسی از شش بخش عمده به شرح زیر تشکیل شده است که زیر نظر مدیر گروه فعّالیت میکند.
۱. بخش معاونت، سفارش و پیگیری مقالات
به سبب اهمّیت وظیفۀ سفارش مقالات و پیگیری آنها، مسئولیت آن بر عهدۀ معاونت گروه نهاده شده است. از دیگر مسئولیتهای معاونت گروه، ادارۀ امور اجرایی گروه و اجرای وظایف محوّله از سوی مدیر گروه است. در سفارش و پیگیری مقالات، سعی دانشنامه بر آن است که از استادان و متخصّصان فن در تألیف مقالات استفاده شود.
۲. بخش مرجعشناسی و ادارۀ کتابخانه مرجع
کتابخانۀ گروه حدود سههزار جلد کتاب دارد. از این کتابها که بیشتر آنها کتابهای مرجع است، برای تهیۀ پروندۀ علمی مقالات استفاده میشود. در این بخش سعی میشود که منابع بر اساس مدخلهای دانشنامه تهیه شود. کتابخانه متصدّیان بخش تشکیل پروندۀ علمی را در وارسی منابع و تهیۀ مشخّصات کتابشناختی آنها یاری میکند.
۳. بخش تشکیل پروندۀ علمی و وارسی منابع و نمونهخوانی
این بخش بعد از بخش سفارش و پیگیری مقالات مهمترین بخش دانشنامه است. متصدّیان این بخش مقالهای را که از خارج از گروه دریافت میشود از جهت منابع بررسی میکنند. آن قسمت از منابع که در کتابخانۀ مرجع موجود است روگرفت میشود. منابعی که در کتابخانۀ گروه موجود نیست از طریق کتابخانههای دیگر تهیه میشود. بدین معنی که متصدّی کتابخانه، از طریق ارتباط با کتابخانههای دیگر، معلوم میکند که منابع مورد نیاز را کدام کتابخانهها دارند، سپس متصدّیان بخش پروندۀ علمی با مراجعه به آن کتابخانه، روگرفت منابع را تهیه و پروندۀ علمی مقاله را تکمیل میکنند.
۴. بخش ویرایش و احیاناً تألیف مقاله
پس از آنکه پروندۀ علمی مقاله تشکیل شد، در بخش ویرایش، مقاله ویرایش میشود. گاه ممکن است مقالۀ رسیده، ازلحاظ استفاده از منابع، درست تألیف نشده باشد. در این صورت مقاله تجدید تألیف میشود. ویرایش مقالات و حصول صورت نهایی همۀ مقالات بر عهدۀ مدیر گروه است.
۵. بخش حروفنگاری
مقالات، بعد از ویرایش نهایی، به بخش حروفنگاری داده میشود و بعد از حروفنگاری به بخش پروندۀ علمی سپرده میشود. در آنجا مقاله نمونهخوانی میشود و ضمن نمونهخوانی یک بار دیگر منابع داخل مقاله بررسی میشود.
۶. بخش مربوط به امور اداری
کارهای اداری مربوط به مؤلّفان، اعمّ از ارسال سفارش مقالات، تنظیم قراردادها، و کارهای مقدّماتی مربوط به پرداخت حقالتّألیفها در این بخش صورت میگیرد.
مجموعۀ کامل دانشنامۀ زبان و ادب فارسی در شش جلد (بهانضمام یک جلد با عنوان «ذیل»)، به ترتیب در سالهای ۱۳۸۴، ۱۳۸۶، ۱۳۸۸، ۱۳۹۱، ۱۳۹۳، ۱۳۹۵، ۱۳۹۷ منتشر شده است. جلد اوّل ۷۶۰ صفحه است و شامل ۴۳۹ مدخل. این جلد حرف « آ» تا اواسط حرف «ب» را در بر میگیرد (از مدخل «آب» تا مدخل «برزویه»). در این جلد ۱۲۶ مؤلّف با دانشنامه همکاری داشتهاند.
جلد دوم دانشنامه بالغ بر ۷۶۸ صفحه است و شامل ۴۱۶ مدخل. این جلد از اواسط حرف «ب» شروع میشود و تا پایان حرف «ح» ادامه مییابد (از مدخل «برندق خجندی» تا مدخل «حیرتی تونی»).
جلد سوم شامل مدخلهای حرف «خ» تا حرف «س» است (از مدخل «خارزنجی» تا مدخل «سنایی غزنوی»). این جلد شامل ۳۶۱ مقاله در ۷۵۲ صفحه است که ۱۳۰ مؤلّف در تألیف مقالات آن با دانشنامه همکاری کردهاند؛
مجلدات چهارم، پنجم و ششم نیز، به ترتیب، در سالهای ۱۳۹۱، ۱۳۹۳ و ۱۳۹۵ انتشار یافته است، به این شرح: جلد چهارم (از «سندبادنامه» تا «فردوسی») شامل ۳۶۵ مدخل با همکاری ۱۳۷ مؤلف، جلد پنجم (از «فردوسیثانی» تا «مسرور خاقانی»)، مشتمل بر ۳۴۳ مدخل، با همکاری ۱۲۹ مؤلف، و جلد ششم (از «مسعود، محمّد» تا «یونس»)، شامل ۳۲۰ مدخل و با همکاری ۱۳۵ مؤلّف.
برای تکمیل مجلدات پیشین، جلد دیگری هم تحت عنوان «ذیل» در سال ۱۳۹۷ منتشر شد که ۱۵۰ مدخل را در بر میگیرد و در آن ۸۹ مؤلّف، در تألیف مقالات آن، با دانشنامه همکاری داشتهاند. بر روی هم رفته، دورۀ کامل دانشنامه شامل ۲۳۹۴ مدخل است که در ۵۳۸۶ صفحه فراهم آمده است.
علاوه بر مجلّدات دانشنامه، برگزیدهای هم از مقالات دانشنامۀ زبان و ادب فارسی با عنوان فردوسی و شاهنامهسرایی، به مناسبت برگزاری همایش بینالمللی هزارۀ شاهنامه فردوسی (اردیبهشت ۱۳۹۰) انتشار یافته است. مجموعۀ فردوسی و شاهنامهسرایی که شامل ۱۰۷ مقاله است در بیش از ۱۲۰۰ صفحه و به قلم ۳۴ مؤلّف در یازده بخش تنظیم شده است و به طور کلّی جامعِ مهمترین اطّلاعات مربوط به شاهنامۀ فردوسی است که سه دورۀ تاریخی پیش از سرایش شاهنامه، سرایش شاهنامه، و بعد از سرایش شاهنامه را در بر میگیرد.